馬沙溝漁港早期為當地漁船停泊之主要港口,隨著漁船體型增加、航道與沿岸淤積等問題,致使漁船進出困難。加以新闢建之將軍漁港 成為附近漁船主要之停泊港口,馬沙溝漁港使用率相對降低,管理亦浮現問題。
馬沙溝本是一個沿海的傳統漁村,黃昏時分,漫天晚霞映照著海面漁船點點的景象,讓此地在昔日有台南八景之一的「綠汕帆影」之稱。又因擁有細柔沙灘及清澈海水,在進行規劃後,1980年代的馬沙溝,每到夏季就會吸引大批遊客前往遊玩,眾多攤販及多元的水上活動,使得當時馬沙溝的絡繹人潮,就如同當今的墾丁一般。
馬沙溝漁港有兩個泊區,漁船大多停靠於內泊區。外泊區此回參訪未見漁船停靠。